Etrian Odyssey Untold: The Millennium Girl nabízí dvě rozdílné zkušenosti: rozšířený příběhový režim zavede hráče na cestu, vedoucí za odhalením tajemství původu stromu Yggdrasil a v klasickém režimu pak můžete prožít původní dobrodružství první Etrian Odyssey, doplněné o nové bludiště a výzvy. Obě verze mají stejné herní vymoženosti aktualizované 3D grafiky a funkce StreetPassu, stejné jaké nabízí Etrian Odyssey IV.

Příběhový režim dává na výběr hráčům pět předpřipravených postav, z nichž každá má svou vlastní osobnost a možnosti dialogu. Tím pádem máte šanci prozkoumat Etria tak, jak jste poprvé neměli šanci. Hra je prokládána animovanými scénami, vytvořenými studiem Madhouse a obsahuje více než 3000 řádků dialogu a dabingu.

Mechanismy her ??Etrian Odyssey se také vrací, spolu s first person pohledem při zkoumání podzemí a intenzivním, turn-based bojem v nových bludištích. EOU ale přináší také nové módy obtížnosti, které lze ale kdykoliv změnit: režim Picnic a Standard je určen pro hráče, kteří nemají s RPG nebo sérií Odyssey Etrian zkušenosti, zatímco Expert přidává nové výzvy pro dobrodruhy a veterány.